Со времен легендарного охотника на вампиров, профессора Ван Хелсинга, тайная организация Королевский Протестантских Рыцарей, унаследовавшая имя своего основателя - "Хеллсинг", успешно сражается с вампирами, оборотнями и прочей нечистью на берегах туманного Альбиона. Так было раньше…….
Теперь близится роковой час: популяция упырей растет с огромной скоростью, элитное подразделение MI-5, занимавшееся расследованием дела по производству вампир-чипов, мистическим образом исчезло. Подозрения падают на  нацистский батальон «Миллениум», возглавляемый Максом Монтаной. Он  ставит целью обнаружение доказательств теории возникновения арийской расы и обретение наконечника копья, которым по преданию был убит Иисус, будучи распятым на кресте. Алукард узнает об этом, выпив кровь одного из военачальников Миллениума во время битв и сообщает хозяйке. Копье охраняет древнее зло. Это ли тот самый равный противник, о котором так давно мечтал Алукард?  Его преследует размытые видения, в которых он видит будущее организации, напрямую зависящее от этого копья и как-то связанное с его судьбой. Интегра призывает все силы Королевского Протестантского Ордена для борьбы.
Фанатичные искоренители еретиков - Тринадцатый отдел инквизиции Ватикана, под руководством архиепископа Энрико Максвелла, пытается помешать организации «Хеллсинг» во всех её начинаниях. Причем, открыто обвиняет организацию в распространении «заразы»… Искариот жаждет Крестовых походов, захлебываясь в своём самолюбии и пока что тщетно пытаясь наладить дипломатические связи с Миллениумом.

Что будет дальше? Чью сторону ты выберешь? Выбор за тобой, попробуй изменить ход событий.